【……
仓库里的灯坏掉了，少年侦探团打开手电筒手表，到处翻找石灰。柯南发现附近地板上有个通往地下室的门，门上的把手有铁锈剥落的痕迹，说不定是因为最近有人打开过。
柯南怀揣着好奇心把门打开，结果在手电筒手表的照射下，通往地下室的楼梯尽头，躺着一具己经白骨化的尸体。
这个发现让孩子们害怕极了，柯南却第一时间冲到下面，对若狭留美说快去报警，然后开始探查骸骨及其周围的线索。
这名死者己经死了很久了，五年，不，可能有十年了。柯南看到他的右手，那里拿着什么东西。他拿起来一看，好像是运动会时系在头上的头带，上面还有写了很多中文……
咦，好像在哪里见过。
柯南努力回想，终于想起那时自己和毛利兰还在帝丹小学念书，那个时候小兰忽然跑过来，对他说：“我在旧仓库那里发现了一条魔法带。”
自己觉得不可能，小兰又说，因为上面写了很多她不认识的字。
出于好奇心，他跟着小兰前往旧仓库，看到了绑在旧仓库门把手上的袋子，上面写的都是中文。自己想要把带子拿下来交给老师，一个头戴鸭舌帽，记忆中的面容己经模糊的男子走过来说：“不能碰那个哦，仓库里封印着很可怕的怪物，这就是那根用来封印的带子。”】
工藤新一皱起眉：“怎么会，难道死者那个时候就己经……”
而他原本有机会发现这个事情的，可自己那时候并没有把事情想的那么严重，结果就错过了。
“可恶，要是我那时候更细心一点就好了。”工藤新一说。
阿笠博士说：“新一，你这么想就太危险了，那时候就你跟小兰在，光凭你们两个的力量，是敌不过一个成年男子的，如果你们有什么异动，说不定他会把你们解决了。”
工藤优作说：“博士说的没错，当初没发现，但现在发现了。有错的是犯下这起案子的犯人，而不是你。”
铃木园子后怕说：“这么说来，你们俩差点遇到危险，太险了。”
【……
警察立刻赶到学校，为首的是白鸟警官，根据初步探查，这很可能是意外踩空楼梯摔下来以后后脑勺撞在楼梯下面的跳箱上导致死亡的，是刑事案件的可能性很小。
警察们退场，校长却想到了十年前的事情。
那个时候，有西个强盗闯进了住在这附近的资本家的家里，杀死了那家的主人，带着他们家价值2亿日元的金块逃走了。同一天的深夜，有人看见几个可疑的人影进入了帝丹小学的小源，后来警察就过来调查。
只是调查过后，并没有发现什么。
回到教室的少年侦探团讨论起刚才的事，说到那条带子，对上面到底写了什么内容表示好奇。柯南说：“是换位密码。”
这是一种两千五百年前斯巴达人用的暗号，柯南给他们示范了一番，刚才那根带子，他己经用手机拍下来了，交给灰原哀，让她跑一趟教师办公室去打印一下。
正说着，灰原哀回来了，柯南打印下来的带子剪下来，跟刚才一样卷在笔上，却得到了一串没有任何含义的文字。
柯南说：“难道是这笔的粗细不对吗？”
不远处，若狭留美若有所思地看着他。】
服部平次说道：“看来骸骨有可能是那些强盗中的一员，不会是因为分赃的问题内讧，然后这个人不小心死在这里了吧？不过从楼梯上摔下来，也有可能是有人从上面推他下去的。”
世良真纯说道：“目前最要紧的是解开这个换位密码里的秘密，不过看他们的样子，事情不太顺利啊。”
是的，视频里柯南试了各种粗细的笔，都没能得到一句有意义的话。然后，他们看见怀里拿着几根尺子的若狭留美，在转身的时候身后的尺子把墙上的课程表带下来了。她冒冒失失地跟小林老师道歉，柯南看到这一幕却得到了启发。
工藤新一皱眉：“这个老师，是故意这么做的吗？”
灰原哀说：“很有可能，但也可能真的不是故意的也说不定。”
工藤新一偏向她是故意的，难道她己经知道了换位密码里的信息，故意给自己提示？
【……
柯南让吉田步美拿出刚才在尸体附近捡到的一张缺了一角的课程表，仔细观察后发现这其实不是课程表，而是案号解读表。
结合带子上的内容，先把代表星期三的水曜日简化成三点水，于是月、火、水、木、金、土、日，一个星期都有了。再把左侧代表科目的汉字简化成汉字的某一部分，于是有了七个文字，在七乘以七的表格中拼凑成西十九个字，再从左上角开始，按照五十音的顺序标上假名，就能得到一张表格。
不过，得到的结果是一串没有任何意义的假名。
柯南继续深思，自己还有什么地方没有注意吗？还有原本残缺的表里有几个×号，不知道代表了什么意思呢？
帝丹小学发现骸骨的事情己经发布到晚上，写有案号的带子也一起公开了。这时，若狭留美又找到他们，原因还是因为石灰。她说其他班级的老师说，明天的理科实验要用到石灰，让她去拿一些。她记得就仓库里有石灰，扭扭捏捏表示想让他们再陪她跑一趟。
他们再次来到仓库，发现仓库里的东西变得乱七八糟。这不是鉴识科警察的做法，看上去更像有人在这里翻找什么东西。
说不定找东西的人还在这里，柯南让若狭留美帮他打开通往地下室的门，如果真的有人冲出来的话，他就用麻醉枪让他睡着。
若狭留美一边动作，一边惊讶地重复：“麻醉枪？”
地下室被打开，万幸里面没有人冲出来，而且也没有被翻找的痕迹。这就有一个可能，对方看到他们来了，于是匆匆忙忙逃走了。】
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